まずデスクトップPC に USB2 と USB3 の両方が開いてる本当の理由はこれ
https://ja.wikipedia.org/wiki/ユニバーサル・シリアル・バス
> 2012年までの多くのパソコンで、USB 3.0が1ポート（もしくは2ポート）と残りがUSB 2.0ポートという組み合わせにされている理由は、
> (1) 2009年の時点でUSB 3.0コントローラーを市場に供給できる唯一のメーカーであったルネサスのUSB 3.0コントローラが技術的に
> 2ポートまでしか対応していないこと、(2) USB 3.0の要求する電力がUSB 2.0よりも高く、容量の大きな電源が必要になってくること、
> および、(3) チップセット内蔵の場合、CPU⇔サウスブリッジ間のバス・バンド幅が現状では十分でないため、現状では全てのポートを
> USB 3.0化することは技術的に不可能であること、などが原因である。ほどなくVIAなどの各製造メーカーもUSB 3.0に対応し、
> また4ポート対応のコントローラーも開発されるなどで、登場から5年後の2014年頃には特にポートの少ないノートパソコンでは
> USB 3.0への完全対応がなされた。
次に USB2 と USB3 をハブを使って混在させたらいけないのではないかという疑問については
したことがないので俺は知らんが口コミはこうなってる
https://bbs.kakaku.com/bbs/-/SortID=18459146/
だから >>8 の動画でマウスが動かないのはハブのメーカーかマウスのメーカーが規格違反品を売ってるから