1969年（昭和44年）、京都の東本願寺を本山とする真宗大谷派内部において、教義上の解釈や宗派の運営方針等をめぐって保革が対立し、紛争に及んだ（お東騒動）。
第二十四代法主・大谷光暢（闡如）は改革派の動きに反対し、1978年（昭和53年）、本願寺の法統を守る為として、真宗大谷派との包括関係を解き、京都の東本願寺の独立を進めることを宣言。
同時に全国の別院・末寺にも真宗大谷派からの独立を呼びかけた。
光暢の長男で真宗大谷派の法嗣（新門）であった大谷光紹（興如）は、これに呼応し、自身が住職を務めていた真宗大谷派東京別院東京本願寺（浅草門跡）の独立を進め、1981年（昭和56年）6月15日に認証された。
一方、改革派は、光暢が進めていた東本願寺の独立を阻止し、宗派の憲法である「真宗大谷派宗憲」の改定を進め、1981年（昭和56年）6月11日に新宗憲を公布・施行。
このような一連の動きを受けて、光紹は、1988年（昭和63年）2月29日、真宗大谷派の規則変更により消滅させられた「東本願寺法主」の地位を継承するとして、東本願寺第二十五世法主の継承を宣言。
同時に三百数十ヶ寺に及ぶ真宗大谷派からの独立寺院を率いて「浄土真宗東本願寺派」を結成し、「東京本願寺」を本山とした。