小保方さんは、番組タイトルに「不正」との表現があり、「何らの客観的証拠もないままに、申立人が理研（理化学研究所）内の若山研究室にあったES細胞を『盗み』、それを混入させた細胞を用いて実験を行っていたと断定的なイメージの下で作られたもので、極めて大きな人権侵害があった」と申し立て、NHKに謝罪や検証作業の公表などを求めた。
このほか、実験ノートの内容を無断で放送したことは著作権侵害に当たり、笹井芳樹さん（理研の発生・再生科学総合研究センターグループディレクター）との電子メールの内容を無断で公開したことはプライバシーの侵害といったことも主張している。
NHKは申し立てに対し、当該番組は「申立人がES細胞を盗み出したなどと一切断定していない」とし、「2000ページ近くにおよぶ資料や100人を超える研究者、関係者の取材に基づき、客観的な事実を積み上げ、表現にも配慮しながら制作したものであって、申立人の人権を不当に侵害するようなものではない」と反論。
http://nlab.itmedia.co.jp/nl/articles/1508/19/news105.html @itm_nlabさんから