加計学園の獣医学部新設にあたり「総理のご意向」があったとする文書の存在を明らかにした前川氏に対し、内調は同氏が援助交際などの温床になっているとされる東京・新宿区のいわゆる「出会い系バー」に足しげく通っていたことを突き止め、読売新聞にリーク。同紙は17年5月に報じた。
同じ頃、望月記者に対しては、24時間体制の動向監視に加え、電話の受発信記録やメール傍受なども行い、その結果をメディア関係者に漏らしていたことも明らかになっている。
今年6月には「望月記者の弟が詐欺まがいのことをしている」との記事が「週刊新潮」に掲載されたが、これについても、内調発だった、との声が出ている。同誌は記事の中で、次のように皮肉ってもいた。
〈東京新聞の望月衣塑子記者（45）は今なお官房長官会見に出席し、舌鋒鋭く菅義偉官房長官への追及を続けている。そんな彼女は、実弟が〝詐欺まがい〟と批判を浴びている事実をご存じだろうか。
事件記者として鳴らした望月記者。自伝本「新聞記者」が原案の映画まで作られ、講演会も引く手あまた。もはや新聞記者の枠に収まらない活躍である。そんな彼女は、身内に〝不祥事〟がある場合、いかなる反応を示すのか〉
別の政府関係者が語る。
「19年の参議院選挙の際には女性関係、男性関係を含む野党候補者の醜聞が内調から次々と上げられたが、今回の学術会議問題でも、標的となった学者から出てきたのもやはり異性関係、下半身のトラブル情報が多かった。6人の中には裁判沙汰になっている者もいた。そしてこれを見た官邸は永田町、霞が関を中心に中身をひそかにリークして本人の耳に入ってもいいように工作を行った。任命を拒否したとしても当人たちから文句が出ないよう図り、『学問の自由とか、偉そうなことが言えた義理か』と威嚇したわけだ。だがここまで事態が紛糾すると、さらなるリークもありうる。つまり、週刊誌などに異性の被害者を紹介し、記事化させるような動きだ」