なんかよく分からないままJaneをいじってみたら
jane2ch.brd テキストファイルの中の
qb5.2ch.net operate 2ch運用情報（Next2ch運用情報に書き換えてもいい）
↑
このdb5を削って 2ch.net operate 2ch運用情報（Next2ch運用情報に書き換えてもいい）
2ch.net operate Next2ch運用情報 link（か、リンクだったかも？）
1行全部削除したらダブってたものが正常になりました。
上記の様に一部の板移転が失敗していた様です。
（勝手に処理されているので理由は分かりません。）