pycache ディレクトリも .gitignore に入れとけ
Python スクリプト内に秘密のパスワードを書いて実行するとそのパスワードがキャッシュに書き込まれる
パスワードを消して git commit -am "" するとキャッシュに書かれたままのパスワードがコミットされて
そのままうっかり push すると全世界に開陳することになる
いらないファイルを途中で git の支配下から外してもそれまでのコミット履歴は残ってしまうから
秘密のファイルをコミットしちゃってたなら一番簡単なのは .git フォルダを消去して
もう一度 git init しなおすこと
もちろん履歴は消えるが一人でちょっとしたものを作ってるときに消えて困る履歴なんかないはず