やはり現状ではJDim外部での手動切り替えしか無さそうな
ログの色はsymlink等で工夫してもらうとして
アプリケーションでのテーマ指定起動はこれが便利そう
アイコンクリックでやりたかったら .desktop ファイルを自作も出来る
gnome — GTK-アプリケーションごとにダークテーマを有効/設定
https://www.web-dev-qa-db-ja.com/ja/gnome/gtk%E3%82%A2%E3%83%97%E3%83%AA%E3%82%B1%E3%83%BC%E3%82%B7%E3%83%A7%E3%83%B3%E3%81%94%E3%81%A8%E3%81%AB%E3%83%80%E3%83%BC%E3%82%AF%E3%83%86%E3%83%BC%E3%83%9E%E3%82%92%E6%9C%89%E5%8A%B9%E8%A8%AD%E5%AE%9A/957197149/