PuppyはFrugalインストールと言ってUSBにシステムファイルを持ったままHDDに作業領域のみでオンメモリで動作するところに特徴があります。
http://ameblo.jp/shinobar-blog/entry-11811518269.html
USBにインストールするため持ち運びができるなど利点が多いので通常はこっちです。大容量のUSBが手軽な値段で手に入るので容量に心配もありません。
ただし、ターゲットPCが古めで入っているOSをもう使わないならフルインストールもありです。ただし弄り回しておかしくなると復旧は大変です。（もっとも再インストールにそれほど時間はかかりません）
PentiumM、CeleronM、AthlonXP、SempronなどのノートPCにはフルインストールして使っているのでフルインストールから環境整備まで書きます。